洪崑煌教授 撰文
台北帝國大學成立於1928年，初設文政學部及理農學部，後增設醫學部及工學部。1943年理農學部分為理學部與農學部。農藝化學科是在理農學部成立當初，即與生物學科，地質學科，化學科，農學科等同時做為主要學科之一而設置的。理農學部之創設，係由日本農藝化學界泰斗大島金太郎所策劃，并擔任首任部長。農藝化學有關講座如下：
農藝化學第一講座（土壤肥料學） 主持者 澀谷紀三郎教授，後繼者為德岡松雄教授
農藝化學第二講座（農產利用學） 主持者 山本亮教授，後繼者為大島康義教授
農藝化學第三講座（營養化學） 主持者 佐藤正一教授
生物化學講座 主持者 三宅捷教授
應用菌學講座 主持者 足立仁教授
製糖化學講座 主持者 濱口榮次郎教授
釀造學講座 主持者 馬場為二教授（1940年增設）
台北帝國大學之設立與以往日本帝國大學之設立不同，日本文部省以特別行政措施，經日本天皇敕令規定由台灣總督代行文部大臣管理台北帝國大學之職務。這是可能考慮到台灣之特殊性，而為使其運營能配合台灣實際需要而賦與其主動性。
因此，農藝化學部門的任務尤其重大，首任大島學部長為達成此任務，在理農學部內，為謀得理學的基礎學科與從事生物生產的農學有關各學科雙方之緊密協調與連繫，並為適應新學科科技間領域之探究發展之需要，而設置了農藝化學科。後來為推進此政策再增設了南方資源科學研究所。
臺北帝大設立於包含原有之高等農林專門學校校地及其試驗農場之地，將其改為大學之農林專門部，有些教員兼任兩邊之教學及研究工作，一直到二次大戰末期，農林專門部獨立而遷校為止。上舉教授中，佐藤、馬場、澀谷、大島﹙康義﹚等，都曾在農林專門部任教長短不等期間。大島金太郎同時兼為臺灣總督府中央研究所農業部部長。大島金太郎於1934去世，由青木文一郎接任理農學部部長，而其在中央研究所農業部部長職，則由澀谷紀三郎接任。1939年後，中央研究所農業部改為農業試驗所，仍由澀谷紀三郎兼任所長及農藝化學科主任。
製糖化學講座原來為農產製造學、製糖化學講座，由在臺灣及日本醱酵工業有極大貢獻的中澤亮治博士，任職於臺灣總督府中央研究所工業部醱酵工業科之技師兼科長，與濱口榮次郎教授共同主持，中澤分擔農產製造學﹙醱酵化學﹚部分，濱口分擔製糖化學部分；馬場則為助教授兼農林專門部的教授，實際上主持醱酵化學的研究工作。到1940年，中澤退休，農產製造學、製糖化學講座才分開為製糖化學講座及醱酵化學講座，馬場升為教授而主持醱酵化學講座。中澤教授之助手在工業研究所部長室上班。中澤在臺灣醱酵工業上所做的重要貢獻，分別在工業研究所及臺北帝大完成的。應用菌學講座足立教授指導鹽水港製糖株式會社土壤微生物研究室，其土壤微生物的田間試驗都在其公司或其他製糖公司的農地上實施。學生實習也常利用專門學校校舍裏面的實驗室。由此可見，當時的帝大與外界有密切合作關係。帝大時期每年所收學生數甚少，農藝化學科算是人數最多學科，但最多時也不過二十名左右，平常都不滿十名，因此各講座不一定每年都有專攻生。當時的講座教授並不輕易接受專攻生，主要考量為畢業後的就業問題，即無把握推介適當職業時，就不接授。當時學生選課相當自由，可自由選定專攻題目，例如應用菌學講座的專攻生常常不是農藝化學本科的學生。
日治時期，農藝化學科對於臺灣科技之開發所做之主要貢獻如下：
Amylo process 之開發 中澤亮治為臺灣總督府工業部醱酵工業科之技師兼科長，同時為農產製造學、製糖化學講座之分擔教授，還兼任林業部技師。他一開始調查台灣在來法各種醱酵產品中之醱酵菌類，早在1913年發表台灣產醱酵菌類研究之第一報，以後繼續有精闢研究，在1922年實施酒類專賣法後，在台灣有了酒精及各種酒類製造法上之劃時代進步。特別值得一提的是amylo法之完成。他在台灣留下「醱酵工業之父」之業績，在1939年回到神戶，擔任武田藥品工業株式會社之學術顧問，晚年從事於「醱酵及生物化學文獻集」之著作，完成了16卷後，在1974年96歲之高齡去世。
下面略述當時主要的研究成果。
酵母類：台灣甘蔗糖之製造歷史相當久，並以糖蜜為原料製造糖蜜酒，酒精等之土法存在。中澤先生從此分離多種酵母，選拔得有名的396號菌（Sacch. formosensis Nak.），將其純粹培養菌應用于酒精醱酵，得以縮短醱酵時間及收量。此後更發現Sacch. robustus等之劃時代性強有力的醱酵菌。又有Sacch. peka為由白麵分離而得者，在以amylo法製造米酒中扮演重要角色。
絲狀菌類：Rhizopus---Amylo法中之糖化菌向來是用Rhiz. delemar，但自武田義人博士從南洋產Ontjnm，Tempeh麴中分離得新種Rhiz. javanicus而應用之後，因其強大繁殖力及糖化力，使Amylo法更進一大步。
Monascus---在台灣傳統之銘酒老紅酒之研究中，佐籐喜吉博士從其紅麴中分離得優良菌Mon. anka，用其純粹培養而提高紅酒的收量。
Aspergillus---中澤博士從琉球泡盛酒母中分離得Asp. Awamori, Nak.，也研究過用它作檸檬酸醱酵。
細菌類：醋酸菌---田中座助博士詳細研究台灣產之醋酸菌，做其分類及食用醋製法之改良。
乙酮、丁醇菌---牟田氏等在中央研究所自1932年左右開始研究乙酮、了醇菌之研究，發現了Bacil1us butyligenus，而促成在戰時嘉義設置丁醇工場。特別值得一提的是，在第二次世界大戰中日本定下國策為合成航空燃料異八烷為目的進行丁醇醱酵之研究，而台北帝國大學之馬場為二教授發現了Clostridium toanum（當時稱呼為馬場菌）（譯者按：據說此菌實係由當時任馬場教授研究助理之張清池技正所發現者）。此菌在高濃度蔗糖溶液中繁殖快速，幾不產生乙酮，而產生異丙醇及大量之丁醇，經各糖廠之合作下達到工業生產之階段。因為戰爭下受到軍事機密之處理。
Fusel油：平友恆博士所做有關糖蜜醱酵之副產物fusel油成份之精細廣汎研究，在化學領域中受到甚高之評價。
放射狀菌變異菌：霜三雄博士自1937年開始用鐳放射線之變異種研究，確認酵母， Aspergillus之變異種。尤其發現了Asp. niger Radium rasse檸檬酸高生產變種。此為日本首次在微生物上所做人工變異種之有趣研究，在昭和14年得到「利用放射線提高在工業目的使用之微生物作用之方法」為題，包括所有微生物之專利（特許公告昭和14一1241號）。可惜由于戰爭沒有能力支付專利金，而於1946年失效。此專利中之只有關于Aspergillus之部分授權給武田藥品工業株式會社，利用于檸檬酸製造。
在1940年左右日本之砂糖生產以台灣為主，加上南洋群島（日本託管部分），琉球之甘蔗糖共為80萬噸，北海道之甜菜糖20萬噸，合計為年產100萬噸，供日本國內之需要。因此台灣之製糖工業在日本之食物供需計畫上有重大的意義。因此台北帝國大學理農學部農藝化學科中，設有全日本僅有之製糖化學講座，進行製糖技術改進之基礎研究，實際應用於製糖工業，供獻於其發展台灣為日本本土精製糖工業之原料糖之主要供應地，平常此原料糖在日本本土精製後供給市場，另外在台灣也有用碳酸飽充法生產白糖（稱為耕地白糖）後，送日本供糖果業原料或一般家庭之消費用。此方法是由在爪哇開發之「多汗法」改進而來者，在台灣再經技術改良，而能從甘蔗汁以高收率生產高級的白糖。此時日本之此種技術在世界之製糖技術上屬于最上級。但戰爭進行中，製糖用質材之石灰石及焦碳不能從日本順利運來，在台灣進行需要多量石灰及碳酸氣之碳酸飽充法來製造耕地白糖發生困難，日本本土也有製造資材及燃料之不足，不能進行原料糖之精製。因此有必要將台灣製白糖送往日本本土。因此自1940年以製糖化學講座主持人濱口榮次郎教授為中心，在製糖技術研究會中結成亞硫酸法研究班，研究傳統之碳酸飽充法以外之另一種製法，加強研究，確立了名為「公定亞硫酸法」的白糖製造法。因此戰爭末期有每日處理1000噸甘蔗容量之工廠20廠，以此法製造白糖送往日本本土。
臺灣大學之成立
臺大成立之時，首任校長羅宗洛博士邀請陳振鐸教授任農業化學系系主任。陳教授就任本系系主任後，慰留六位原任之日籍教授繼續任教外，積極延攬國內各大學學者來本系任教。日籍教授留任到1948年後，都先後返回日本，分別任日本各大學教授，農學院長等職。當時應聘來本系任教者有食品之彭濟生教授，微生物學之魏喦壽教授，釀造學之劉伯文教授，生物化學之何芳陔教授，以及茅秀生﹙醱酵﹚、張本庚﹙製糖﹚、張仲民﹙土壤﹚、朱植人﹙微生物﹚、劉柏齡﹙肥料﹚諸氏分別擔任講師、助教等職。原帝大時期臺籍畢業生並已在本系服務之徐水泉﹙肥料﹚、謝伯東﹙製糖﹚、楊祖馨﹙營養﹚、顏滄濤﹙肥料﹚以及陳玉麟﹙熊本藥專畢、食品﹚諸氏，也分別任教授、副教授、講師等職，後來也都升任教授，並服務到退休。徐水泉教授則奉調任農業試驗所所長，仍兼任本系教授至去世為止。1947年有了第一屆畢業生﹙僅有兩位﹚，此後每年逐漸增加，並陸續有各屆畢業生留任、或到國外進修後回校，擔任本系教員。
本系成立後，將原有各講座改稱研究室，初設土壤學、肥料學、食品化學、營養化學、生物化學、應用微生物學、製糖化學、醱酵學、纖維化學等九個研究室，後來增設農藥研究室及土壤調查與分類研究室，而成十個研究室，並將肥料學研究室改為植物營養學研究室，製糖化學研究室改稱為農產品利用化學研究室；纖維化學研究室則歸屬森林系。
本系原佔有一號館三樓西側（應用微生物學研究室），二號館二樓東側（土壤學研究室）及三樓西側﹙肥料學研究室﹚，三號館之全部（三樓西側及現有會議室原為化學系圖書室除外）。另外有頗具規模的醱酵工廠，精製白糖工廠，食品加工實習工廠，機械工廠，土壤肥料試驗溫室等，為校本部第一大系。本校成立後，新設立許多學系，原來較小的系亦紛紛擴建，頻頻調整校舍之分配，本系自一號館遷出應用微生物學研究室至農藝館一樓；自二號館遷出土壤及肥料研究室至三號館三樓西側，並收納三號館二樓原屬化學系之圖書室，至此三號館完全屬于本系。另外在本系溫室旁改建一土壤肥力實驗室，在農場洋菇館樓上設土壤調查及分類研究室，並收回原歸化學系做學生實驗室之紅磚平房（與福利社理髮廳洗衣店等相鄰。此平房原為帝大化學實驗室）做土壤肥料學及生物化學學生實驗室。1994年新館落成並開啟使用，原在三號館二樓之生物化學及營養研究室全部遷入新館，醱酵化學、食品化學及農產利用化學研究室亦擴充至新館，留在三號館的土壤、植物營養、農藥等各研究室也都調整研究室空間，舒解了擁擠的狀態。1960年代末期三號館南側增建農學院電子顯微鏡館，由本系教授負責主持。
陳教授延用帝大建教合作精神，廣聘研究機關、企業界研究人員為本系兼任教授，進行合作。兼任教授陣容為農業試驗所所長徐水泉、同所農業化學系系主任梁鉅榮、糖業公司周大瑤、聯合工業研究所郝履成、亞太理事會糧食與肥料技術中心石塚喜明、國家科學委員會王世中、肥料公司江景村、農業委員會蘇楠榮等，都曾擔任過本系兼任教授一段或長或短的期間。